Phần tiền truyện trong bản này diễn ra rất lâu trước phần đầu tiên, sau câu chuyện về Jim Peyton tiết lộ những sự kiện dẫn đến bản gốc.

Sau khi suýt bị chôn sống trong hang động, một người già cả tên là Jim Peyton được cháu gái Diana tìm thấy. Nhận ra rằng ông lão không còn sống được bao lâu nữa, ông bắt đầu nói với cô rằng mình đến với E.D.N. III. Năm mươi năm trước để tìm cách hỗ trợ gia đình, Jim đành tham gia một cuộc thám hiểm nhằm khai thác nguồn tài nguyên trên E.D.N III. Được tài trợ bởi tập đoàn NEVEC, đoàn thám hiểm hy vọng sẽ khai thác "Năng lượng Nhiệt" của E.D.N III, một chất giống như máu có thể giải quyết vấn đề Năng lượng Trái Đất. Jim tới gặp Tiến sĩ Kendric Kovac, giám đốc điều hành Phil Braddock, Tiến sĩ Roman, kỹ thuật viên trưởng Gale và đông nghiệp là tay phi công Rig tên Laroche. Trong lúc sửa chữa rơle comms, Jim bắt đầu nghi ngờ có một kẻ phá hoại trên căn cứ khi anh nhìn thấy ai đó ở gần rơle bị hỏng. Anh thấy rằng Tiến sĩ Roman cũng có nhận định tương tự, nhưng gạt bỏ sự nghi ngờ ấy và tập trung vào làm việc để hỗ trợ gia đình mình.

Một thời gian sau Jim tình cờ nhìn thấy một căn cứ NEVEC bị bỏ hoang tiết lộ rằng đoàn thám hiểm này không phải là những người đầu tiên đáp xuống E.D.N III như họ đã nói. Những hồ so cuối cùng kể rõ chủng loài Akrid đang tấn công căn cứ và giết chết cư dân. Cố gắng rời đi, Jim chiến đấu với một con Akrid đồ sộ khiến rig của anh bị hư hại và anh suýt chết trước khi anh được người phụ nữ cứu giúp mà anh nhìn thấy trong rơle comms. Anh ta tỉnh dậy trong một khu định cư vài ngày sau đó, được chữa lành. Người phụ nữ tự giới thiệu mình là Mira và người của cô ấy là "Kẻ bị lãng quên" (Forgotten), những cư dân còn sống sót sau nỗ lực thuộc địa đầu tiên của NEVEC. Thủ lĩnh của họ, Soichi, cha của Mira, không tin tưởng Jim nhưng cho phép anh ta rời khỏi nơi ở của họ sau khi đền đáp ơn cứu mạng theo thỏa thuận rằng anh ta không được tiết lộ sự tồn tại của họ.

Quay trở lại căn cứ, anh thấy nơi này bị bầy Akrid tấn công tới tấp, kết quả từ một thí nghiệm của Tiến sĩ Kovac, người đang nghiên cứu cách kiểm soát chúng. Jim đối mặt với Braddock nhờ việc phát hiện ra thuộc địa đầu tiên. Braddock giải thích rằng cha anh ta là thủ lĩnh thuộc địa trước khi nó bị mất, và để duy trì nguồn tài trợ của đoàn thám hiểm từ NEVEC, anh ta phải giữ bí mật vụ việc. Jim đồng ý giữ bí mật thuộc địa và giúp anh ta điều tra những gì đã xảy ra, giữ bí mật về Forgotten. Vài tháng trôi qua và với sự giúp đỡ của Forgotten, Jim có thể nhớ lại thông tin về những gì đã xảy ra và kể cho Braddock nghe. Anh ta bị sốc khi thấy rằng khi thuộc địa bị tấn công, cha anh ta đã từ bỏ nó để tới cứu hai mẹ con Braddock. Jim cố gắng nói với Braddock về Forgotten nhưng bị gián đoạn khi anh ta phải ráng bảo vệ căn cứ khỏi một con Akrid. Trong những tháng tiếp theo Jim gần gũi hơn với Forgotten và Đoàn thám hiểm, dự định mang Braddock và Soichi hợp sức cùng nhau để họ có thể giải quyết quá khứ của mình.

Trước khi anh bắt tay vào làm thì NEVEC bất ngờ tiếp quản Đoàn thám hiểm. Họ bắt đầu tìm kiếm Tiến sĩ Roman, người với sự giúp đỡ của Jim đã nghiên cứu về việc tạo ra các mạch nhiệt năng tinh khiết nhất thành hình tam giác, tuy nhiên anh phát hiện ra Tiến sĩ Roman đã chết và trong cơn thịnh nộ giết chết một người lính NEVEC gần đó có lẽ đã giết cô. Bây giờ quyết tâm ngăn chặn NEVEC, Jim và Forgotten chuẩn bị phá hoại các nỗ lực khai thác của họ với sự giúp đỡ của Gale. Tuy nhiên, trong lúc tiến hành kế hoạch này thì họ phải đối mặt với Laroche, kẻ được NEVEC phái đến ngăn chặn họ. Anh ta tiết lộ rằng mình đã gọi NEVEC đến căn cứ này sau khi thấy Jim gặp Mira và NEVEC đang tấn công Forgotten. Jim đánh bại Laroche nhưng tha mạng cho hắn ta và tìm đường đến khu định cư của Forgotten. Soichi bị giết và Jim buộc phải đầu hàng khi phát hiện NEVEC đã bắt giữ con tin của gia đình mình.

Sử dụng Nghiên cứu bị Đánh cắp của Tiến sĩ Romans kết hợp với Tiến sĩ Kovacs gây nhức nhối cho NEVEC có Kế hoạch cứu Trái Đất. Braddock giúp Jim chạy trốn và giải thoát gia đình và phi hành đoàn, bao gồm cả Laroche bất chấp những gì hắn ta đã làm, anh ta hy sinh khi giết đám lính của Neven. Đuổi theo viên chỉ huy chiến trường của NEVEC, Isenberg, Jim phá hỏng kế hoạch kiểm soát Akrid và dùng chúng để quét sạch phiến quân và vì vậy NEVEC không thể khai thác Năng lượng tinh khiết của hành tinh này và cứu lấy Trái Đất, Jim dừng lại kế hoạch của Isenberg bằng cách giết hắn nhưng suýt nữa thì bỏ mạng.

Do NEVEC đã đánh bại phi hành đoàn thám hiểm và Forgotten trở thành những tên cướp biển tuyết đầu tiên. Gale và Mira sử dụng nghiên cứu của Soichi để tạo ra Harmonizer, một thiết bị sử dụng năng lượng nhiệt để chữa bệnh cho người dùng. Hiện tại Jim xin lỗi cô cháu gái của mình vì đã để lại một di sản buộc cô phải chiến đấu trước khi qua đời. Rồi Laroche già cả tìm thấy họ và giải cứu Diana. Diana rất buồn trước sự ra đi của ông nội nhưng mong chờ khả năng chiến thắng cuộc chiến và lấy lại hành tinh từ NEVEC.